日本間接導致了兩岸故宮的分裂，然而促成兩岸故宮首次「同台」的也是日本人。日本作家野島剛在新書「兩岸故宮的離合」中指出，日本作家司馬遼太郎，是促成兩岸故宮首度在國外交流的關鍵人物。

1996年，日本NHK播放大型系列特別節目「故宮：至寶話語中華五千年」，透過兩個故宮的故事，串起中國的歷史，轟動一時。在製作過程中，NHK卻一度因名稱問題面臨停擺。

台北故宮的正式名稱是「國立故宮博物院」。大陸不能接受「國立」兩字，台灣卻也堅持「國立」兩字不能拿掉，NHK左右為難。當時的台灣總統是李登輝。NHK把說服李登輝的工作，交給身為故宮節目顧問團成員之一的司馬遼太郎。

司馬曾在1993年專訪李登輝，兩人結為好友。他二度訪台時，拜託李登輝讓步，沒多久NHK便得到台北故宮同意協助拍攝。NHK提議兩岸都不放「國立」兩字，採用「北京故宮」和「台北故宮」的稱呼，得到兩岸同意。此後，兩岸故宮交流皆沿用這兩個名稱。